冷凍離心機應水平放置，距墻10cm以上，并保持良好的通風環境，免受熱源和太陽光線的直接照射，室溫不宜超過30℃，否則會影響制冷效果。當外界濕度較大時，離心機腔內的水分揮發慢，此時應及時清除，以防儀器生銹。離心剛從水溫箱內取出的樣本管時，應經常觀察離心杯內是否有積水并及時傾倒，以保持離心杯的干燥和離心時的平衡。離心機嚴禁不加轉頭空轉，如空轉會導致冷凍離心機軸彎。離心機運轉前必須確認轉頭已放穩且已加緊，轉頭蓋必須放且放穩。安裝好一個轉頭后，將水平儀平放在轉頭上，反復調整離心機前面的兩個可調螺釘，直到*水平。精密地平衡離心管和它們的內容物是十分重要的。使用時對負載必須平衡，符合對稱安裝。使用時如發現聲音不正常，立即停機。有的普通離心機帶有離心管套筒，平衡時應帶上管套筒，一臺離心機的套筒只能在該離心機上使用，不能在離心機之間（特別是不同型號的離心機之間）混用套筒。
冷凍離心機要注意防止放射性同位素對儀器的污染，首先要仔細觀察樣本管有無裂痕或沙眼小孔，以免離心時液體滲出；其次是放人離心杯的塑料管動作要輕，防止液體濺出。如液體進入離心杯造成離心機腔內污染，應立即將離心杯取出，用自來水反復沖洗并晾干，同時還應該對離心機腔內進行全面清潔。
冷凍離心機常見故障
真空度下降是常見故障。對于高速、超速離心機，大部分都設有真空裝置，目的是讓離心腔在運行狀態時處于中或高真空狀態，減少對轉頭的摩擦，使其穩定運行。在真空度下降或抽真空不好時，要檢查真空系統，一般是將油更換，真空度就會恢復。另外，小型或臺式離心機，人們常會忘記將放在離心腔中的轉頭取出，時間長了轉頭會卡死在軸上。不能用力敲打，這樣會損壞離心軸，導致轉軸扭歪，會損壞離心機，甚至發生事故。必要時，可以請專業工程師協助取出。高速、超速離心機運行過程中，面板上有故障提示，可以針對相應的故障提示符處理故障。
此外，會遇到冷凍離心機不工作的現象。對于高速、超速離心機，看離心條件是否選擇合適，檢查傳感部分、控制系統和顯示單元等，逐步檢查就可找出原因。對于小型或臺式離心機，人們常常會忘記把轉頭一直放在離心腔里，時間長了轉頭會卡死在軸上，為了將轉頭取下，必須用力敲打，這樣會嚴重損傷離心軸，導致轉軸扭歪，恢復不了，甚至損壞離心機。
正確的操作、合理的維護是保證儀器正常運轉和延長儀器使用壽命的關鍵。性能*的冷凍離心機，均要正確操作和做好日常維護工作。如能精心維護離心機，觀察運行狀態，聽聲音，定期診斷，及時處理，就可以降低故障率，延長使用壽命，使離心機發揮zui大的效率。